Основные работы: “Сравнительная мифология” (1856), “Стружки из немецкой мастерской” (1867-1875), “Введение в науку о религии” (1873), “Естественная религия” (1889), “Физическая религия” (1891), “Антропологическая религия” (1892), “Теософия, или психологическая религия” (1897), “Шесть систем индийской философии” (1899).

М. Мюллер по праву считается одним из основателей современного религиоведения. Он пытался использовать уже достаточно разработанные методы сравнительной филологии в области изучения мифологии и религии. М. Мюллер был убежден, что знание древних языков дает возможность исследователю проникнуть в тайники человеческой души и обнаружить истинный смысл религиозной веры древних людей, воспроизвести те ощущения и впечатления, которые связывались в их сознании с именами богов, с мифами и легендами о них.

Классики мирового религиоведения. Антология. Т.1 / Пер. с англ., нем., фр. Сост. и общ. Ред. А.Н. Красникова. – М.: Канон+, 1996 (История философии в памятниках). С. 34.